15 maja w pałacu Holyrood Maria i Bothwell pobrali się zgodnie z obrządkiem protestanckim (informacja o gwałcie niesprawdzona, bo Bothwell prawdopodobnie był miłością jej życia, kochankiem i najwierniejszym poddanym).
W tym czasie doszło do buntu lordów, którzy zebrali armię i spotkali się z wojskami Marii pod Carberry Hill. Do bitwy jednak nie doszło – Maria zgodziła się udać z buntownikami, a Bothwella puszczono wolno. Obietnica została jednak złamana, a królową uwięziono na na wyspie na środku jeziora Loch Leven. Pomiędzy 18 a 24 lipca królowa poroniła bliźnięta. 24 lipca została zmuszona do abdykacji na rzecz swojego rocznego syna Jakuba.
Ucieczka do Anglii 2 maja 1568 r. udało jej się uciec z Lochleven i zgromadzić małą armię. Po przegranej 13 maja bitwie pod Langside Maria trzy dni później uciekła do Anglii. 19 maja została uwięziona w Carlisle przez wojska Elżbiety. thumb|Królowa Maria
Część rzymskokatolickiej szlachty zdecydowała się na bunt wobec Elżbiety próbując uwolnić Marię, wydać ją za księcia Norfolk, uczynić z niej królową Anglii i przywrócić religię rzymskokatolicką jako panującą.