Bentusi określili fakt znalezienia ostatniego z Rdzeni jako rozpoczęcie „Czasów Końca”, podczas których zbudzony ma zostać potężny Sajuuk – „tego, którego ręka uczyniła wszystko, co jest”.
Akcja gry rozpoczyna się wraz z oddaniem do użytku nowego Statku Matki nazwanego Dumą Hiigary, podobnym w kształcie do oryginalnego i dowodzonego przez Karan S'jet, tak jak w oryginalnej grze. Okręt zostaje zaatakowany przez siły Vaygr podczas ostatniego etapu konstrukcji, ale udaje mu się uciec. Bentusi informują Hiigaran, że Ci muszą odnaleźć pozostawione przez przodków Wrota Balcory i że znajduje się za nimi coś, co może powstrzymać Vaygr lub poprowadzić ich do ostatecznego zwycięstwa. Makaan, znając tę przepowiednię, kieruje swoje wysiłki ku Wrotom. Kulminacyjna misja ma miejsce po ich drugiej stronie, gdzie Hiigaranie i Vaygrowie odnajdują większy nawet od Statku Matki okręt Przodków: Sajuuka. Po zwycięstwie nad Makaanem Hiigaranie łączą wszystkie Trzy Rdzenie poprzez umieszczenie ich w statku Przodków i wykorzystując ich moc uwalniają swoją ojczystą planetę od zagrożenia ze strony Vaygr. Na końcu gry Trzy Rdzenie odsłaniają swoją największą tajemnicę, okazując się kluczem do rozpościerającej się po całej galaktyce sieci bram hiperprzestrzennych.