W 1987 roku ze zboru „Betlejem” został wyłączony nowy zbór w Nowej Hucie oraz zbór w Nowym Sączu. Rok później wyłonił się zbór w Nowym Targu, natomiast w 1989 z „Betlejem” powołane zostały zbory w Olkuszu i Busku-Zdroju. W 1993 wyłączony został zbór Krzeszowicach.
Zbór w strukturach Kościoła Zielonoświątkowego mały|Budynek dawnego Kina „Warszawa” przy ul. Stradomskiej 15, gdzie nabożeństwa odbywały się w latach 1997–2003 mały|Budynek „S” Centrum Administracyjnego Huty w Krakowie, gdzie nabożeństwa zboru prowadzone były w latach 2021–2025 22 maja 1987 roku, na XII Synodzie Zjednoczonego Kościoła Ewangelicznego, postanowiono o rozwiązaniu ZKE, co zostało zatwierdzone 1 lutego 1988 roku na mocy decyzji Urzędu do Spraw Wyznań. Tego samego dnia zarejestrowano powstały w wyniku jego podziału samodzielny Kościół Zielonoświątkowy w Polsce, którego częścią stał się zbór „Betlejem”.
W momencie zatwierdzenia Kościoła Zielonoświątkowego, pastor Kazimierz Sosulski, z racji swych nowych obowiązków, jako zastępca prezbitera naczelnego Kościoła, po dwunastu latach służby w Krakowie, postanowił przenieść się do Warszawy.