Po nim pastorem został Henryk Krzysiuk, znany w tym czasie z zaangażowania w pracę w Towarzystwie Krzewienia Etyki Chrześcijańskiej. Założone przez Kościół Towarzystwo Krzewienia Etyki Chrześcijańskiej w czasie swej działalności organizowało w szkołach, na uczelniach i innych instytucjach odczyty, prelekcje, dyskusje panelowe, wystawy, oraz wydało szereg książek o tematyce rodzinnej, resocjalizacji i etyczno-moralnej.
W 1990 roku, jako pełniący obowiązki pastora, opiekę nad zborem przejął Wiesław Didoszak, absolwent krakowskiej Akademii Pedagogicznej i Warszawskiego Seminarium Teologicznego w Warszawie. W pierwszej połowie 1991 roku nabożeństwa niedzielne zboru odbywały się w budynku przy ul. Lubicz 25 (w tzw. „Nafcie”). Jesienią tegoż roku ze względu na trudności organizacyjne powrócono do „Betlejem”, decydując się na dwa nabożeństwa niedzielne.
17 stycznia 1993 roku, przed Zborem, w obecności Michała Hydzika – Prezbitera Naczelnego Kościoła Zielonoświątkowego i Andrzeja Brandysa – Prezbitera Okręgu Południowego dokonano ordynacji na pastora Zboru „Betlejem” Wiesława Didoszaka.
Jesienią 1993 roku, razem z ewangelicznymi zborami Krakowa zorganizowano w Hali „Wisły” ewangelizację za pośrednictwem łącza satelitarnego.