Mówcą był baptystyczny ewangelista Billy Graham.
W 1993 roku, w czerwcu, wierzący dojeżdżający z Krzeszowic utworzyli własny zbór. Jednak miejsca w „Betlejem” było nadal za mało i jesienią 1993 roku nabożeństwa niedzielne zaczęto organizować w świetlicy Zakładów Zbożowo-Młynarskich (w tzw. „Młynie”) na Osiedlu Wieczysta. Po ewangelizacji zorganizowanej w lutym 1994 roku na ulicach tego osiedla wymówiono zborowi wynajmowaną salę. Wówczas powrócono do kaplicy „Betlejem”, by po kilku tygodniach na krótko przenieść nabożeństwa niedzielne do Kinoteatru „Związkowiec” przy ul. Grzegórzeckiej.
W 1993 roku zbór liczył około 270 wiernych, w tym 172 ochrzczone osoby.
W 1994 roku z inicjatywy pastora ze Skawiny Piotra Nowaka powstało Krakowskie Seminarium Biblijne. Jego współpracownikiem został Paweł Sochacki – pastor z Nowej Huty, natomiast Wiesław Didoszak – pastor Zboru „Betlejem” – jednym z wykładowców. W seminarium tym do dzisiaj, pod dyrekcją pastora Sochackiego, studiują seminarzyści z Krakowa i okolicznych województw.
Od września 1994 roku do czerwca 1997 roku wierni Zboru zgromadzali się w wynajmowanej sali Zespołu Pieśni i Tańca „Krakus”, przy ul. Reymonta 15. W marcu 1996 roku świętowano 50-lecie Zboru. Uroczystość odbyła się w sali przy ul.