Nietypowe wezwanie kościoła próbowała wyjaśnić hipoteza jego związku ze zwycięską bitwą w wojnie z Litwą bądź Rusią, właśnie w dniu wspomnienia męczenników (22 czerwca), ale część historyków wskazuje na słabe udowodnienie tej teorii, nie znajdując potwierdzenia, że taka bitwa w ogóle miała miejsce. thumb|left|Widok od frontu
W 1596 roku starosta niepołomicki Jan Branicki ufundował manierystyczną kaplicę grobową dla swoich rodziców: Grzegorza i Katarzyny. Ich nagrobek, pochodzący z warsztatu Santi Gucciego, wykonany jest z szarego kamienia, z użyciem czerwonego marmuru i ozdobiony rzeźbami postaci oraz motywami roślinnymi. Jan Branicki sfinansował także pokrycie całego kościoła nowym dachem i ufundował wyposażenie oraz sprzęty liturgiczne, w tym monstrancję, znajdującą się obecnie w depozycie w Muzeum Niepołomickim.
W 1640 roku do nawy północnej została dobudowana kaplica św. Karola Boromeusza, ufundowana przez Stanisława Lubomirskiego, wojewodę krakowskiego. Mieści ona cudowny obraz patrona, sprowadzony do Niepołomic w 1604 roku z Bolonii przez Annę Branicką, żonę Jana. Prawdopodobnie w tym samym czasie powstała jednolita stylowo z kaplicą południowa zakrystia kościoła. Stiuki w kaplicy pochodzą najprawdopodobniej z warsztatu Falconiego.