Około roku 1690 świątynia została przebudowana po zniszczeniach czasów wojen drugiej połowy XVII wieku. Dwie pierwotne gotyckie nawy zostały połączone w jedną, barokową, o nowym sklepieniu i oknach. Z tego okresu pochodzi także portal, prowadzący na chór muzyczny. Według upamiętniającej przebudowę płyty z czarnego marmuru, jej donatorem był król Jan Kazimierz wspólnie z rodziną Lubomirskich.
W pierwszej połowie XVIII wieku, podczas odnawiania dachu, otrzymał on rokokową sygnaturkę. W tym samym czasie nowy, ołowiany dach zabudowano także nad kaplicą Lubomirskich a obraz św. Karola Boromeusza został wprawiony w nowy, rokokowy ołtarz. W 1800 roku powstała stiukowa dekoracja łuku tęczy i ścian nawy. W 1837 roku obok kościoła zbudowano murowaną dzwonnicę, w miejsce dotychczasowej drewnianej. W 1916 roku wnętrze zostało pokryte polichromią, wzorowaną na tej z krakowskiego Kościoła Mariackiego, autorstwa Juliana Makarewicza.