Struktura organizacyjna Siły Obronne Izraela nie mają instytucji naczelnego dowódcy. Jedna z Ustaw Zasadniczych, dotycząca armii z 1976 przeniosła dowództwo nad armią na rząd. Tak więc Minister Obrony Izraela – zawsze cywil, choć często emerytowany oficer – jest najwyższym dowódcą SOI i uosobieniem cywilnej kontroli nad wojskiem. Gabinet musi każdorazowo wyrażać zgodę na główne wojskowe cele i operacje. W normalnych warunkach zajmuje się tym głównie Rada Bezpieczeństwa Narodowego i to na niej spoczywa główna odpowiedzialność. Cykliczne raporty dotyczące stanu wojska podawane są do wiadomości izraelskiego parlamentu – Knesetu, a te zajmujące się sprawami funduszy armii do Rady Finansowej.
Najwyższy rangą oficer Sił Obronnych Izraela (formalnie uznawany za głównodowodzącego), jedyny wojskowy w stopniu generała-porucznika (raw alluf), jest jednocześnie szefem Sztabu Głównego, bezpośrednio odpowiedzialnym przed Ministrem Obrony. Od 2023 funkcję tę pełni generał Herci Halewi. Sztab generalny zajmuje się „profesjonalnymi sprawami”, takimi jak organizacją, treningiem, planowaniem oraz wykonywaniem operacji wojskowych. Szef sztabu generalnego mianowany jest przez ministra obrony na okres 3 lat, która to kadencja może być skrócona lub przedłużona.