W 1855 stan jego zdrowia zdecydowanie się pogorszył, co duchowny uznał za zapowiedź rychłej śmierci. 6 grudnia 1857 po raz ostatni odsłużył Świętą Liturgię. Ostatnie tygodnie życia spędził nie wychodząc ze swojego mieszkania, gdzie jednak przyjmował wszystkich wiernych pragnących się z nim spotkać. Zmarł 21 grudnia 1857 i został pochowany osiem dni później w cerkwi Podwyższenia Krzyża Pańskiego w kompleksie Ławry Peczerskiej, zgodnie z własnym życzeniem. W 1994 jego szczątki przeniesiono do Dalszych Pieczar ŁawryСвятитель Филарет (Амфитеатров Федор Григорьевич) архиепископ Казанский и Симбирский с 25 февраля 1827 года, Казанский и Свияжский с 10 февраля 1832 года по 19 сентября 1836 года.
Metropolita Filaret jest bohaterem utworu Drobiazgi z życia biskupów Nikołaja Leskowa, w którym obok biskupa Neofita (Sosnina) został ukazany jako wzór do naśladowania dla całego rosyjskiego duchowieństwa, jeden z nielicznych hierarchów Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, których zachowanie pozwala zachować nadzieję na moralną odnowę Kościoła w przyszłości, pozytywnie wyróżniający się z grona rosyjskich biskupów swoją łagodnością i dobrociąB.