Klub zdobył później swoją pierwszą potrójną koronę w 1990 roku, zdobywając IFA Shield, Rovers Cup i Durand Cup w jednym sezonie.
W grudniu 1996 roku startowała National Football League jako najwyższa liga w kraju. Zespół w swoim debiutanckim sezonie zajął trzecie miejsce. W 1998 roku klub przyjął nazwę Kingfisher East Bengal FC, gdy browar Kingfisher został jego właścicielem i sponsorem. Do 2007 bez przerwy występował w National Football League, trzykrotnie ją wygrywając.
W sezonie 2007/08 powstała I-League, która była kontynuacją rozgrywek National Football League, w której zespół nie zdobył miejsca na podium, zajmując szóstą pozycją w tabeli ligowej. W sezonach 2010/11, 2011/12 та 2013/14 został wicemistrzem kraju. Ponadto klub zdobył Puchar Federacji w latach 2007, 2009, 2010 i 2012 oraz Superpuchar Indii w latach 2006 i 2011. W 2013 roku dotarł do półfinału kontynentalnych rozgrywek Pucharu AFC. W 2018 roku podpisano umowę z nowym sponsorem tytularnym – Quess Corp Ltd., w związku z czym klub przyjął nazwę Quess East Bengal FC.