ZSRR przejęło wszystkie jednostki pływające należące wcześniej do Estonii, Łotwy i Litwy. Były to statki handlowe oraz okręty marynarki wojennej.
Działania Głównymi zadaniami Floty Bałtyckiej było wsparcie wojsk na froncie Północno-Zachodnim oraz Północnym na kierunkach nadmorskich, obrona wejść do Zatoki Fińskiej i Zatoki Ryskiej, przeciwdesantowa obrona wschodniego wybrzeża Morza Bałtyckiego, ochrona własnych morskich szlaków komunikacyjnych i operacje niszczące komunikację przeciwnika.
W pierwszym etapie działań niemieckiej floty na Bałtyku podejmowano głównie operacje samodzielne, polegające na stawianiu min i zagród, walce o kontrolę komunikacyjną oraz działanie przeciwko morskim siłom przeciwnika. Marynarka współdziałała z wojskami lądowymi przy obronie wybrzeża, portów i wysp, a także zapobiegała desantom – zapewniając wsparcie artyleryjskie i lotnicze oraz transport wojsk.
Posuwanie się wojsk przeciwnika w głąb kraju załamało system zaopatrzenia Floty Bałtyckiej i zredukowało jej możliwości bojowe. Flota musiała działać na kilku rozbieżnych kierunkach, w warunkach panowania lotnictwa przeciwnika i stale rozbudowywanego zagrożenia minowego.