Rozwiązanie tej kwestii znalazł kupiec i radny miejski, Hermann Franke (późniejszy Honorowy Obywatel Bydgoszczy), który wraz z dyrektorem gimnazjum królewskiego, dr Wilhelmem Guttmannem zaproponował utworzenie Towarzystwa Historycznego.
Statut, przyjęty w dniu założenia, określał jako cel stowarzyszenia poszukiwanie zabytków starożytności i przedmiotów o wartości historycznej, zwłaszcza z Bydgoszczy i okolicy oraz ich przechowywanie. Pomiędzy 16 założycielami znajdowało się dwóch redaktorów naczelnych, którzy zajęli się propagowaniem celów towarzystwa, tak że liczba członków już pod koniec pierwszego roku sprawozdawczego wzrosła do 96 osób.
Towarzystwo koncentrowało się w pierwszych latach na wykopaliskach cmentarzysk urnowych i grobów skrzynkowo-kamiennych z doliny rzeki Brdy, bagien nadnoteckich, znad Wisły i jeziora Gopło. Eksponaty przewieziono do Bydgoszczy i wystawiono najpierw w jednym z pomieszczeń gimnazjum, a następnie na przebudowanym chórze w kościele klarysek. Od 30 listopada 1890 r. były one udostępnione do zwiedzania. Opiekunem zbiorów do 1920 r. był bydgoszczanin, młody przyrodnik z praktyką muzealną Konrad Kothe.