Leczenie wady jest wyłącznie chirurgiczne, które polega na rekonstrukcji odpływu systemowego i płucnego. VSD zamykane jest łatą z tworzywa sztucznego z zapewnieniem wyrzutu krwi z lewej komory serca do wspólnego pnia tętniczego. Wcześniejsza operacja chroni krążenie płucne przed powstaniem nadciśnienia w krążeniu małym i przed niewydolnością serca. Lepsze wyniki osiąga się dzięki naprawie zastawki wspólnego pnia, niż przy jej wymianie.
Operacja wykonywana jest w krążeniu pozaustrojowym w hipotermii ok. 20 °C często z krótkotrwałym zatrzymaniem krążenia. Po otworzeniu serca zamyka się VSD łatą ze sztucznego tworzywa (dakron). Po odseparowaniu naczyń płucnych od wspólnego pnia zamyka się otór (otwory) po ich usunięciu. Następnie rekonstruuje się ciągłość między prawą komorą serca a naczyniami płucnymi z użyciem homograftu, heterograftu (proteza naczyniowa z zastawką lub bez) lub heterograftu biologicznego (np.