Odrębnym obiektem w kompleksie zabudowań był tzw. skit Nikona, czwórkondygnacyjna budowla, w której znajdowała się cela zajmowana przez patriarchę, pomieszczenie przeznaczone do przyjmowania gości oraz dwie kaplice. Hierarcha mieszkał w nim między rokiem 1658 a 1666, od wycofania się z życia publicznego i zaprzestania wykonywania zadań patriarchy do złożenia z urzędu i zesłania do Monasteru Terapontowskiego. Jego późniejsze prośby o umożliwienie mu powrotu do Nowego Jeruzalem były rozpatrywane odmownie. W monasterze odbył się jedynie jego pogrzeb 26 sierpnia 1681. Patriarcha został pochowany w kaplicy św. Jana Chrziciela. Po śmierci inicjatora budowy klasztoru jego rozbudowa była kontynuowana według pierwotnych planów. W 1685 poświęcono gotowy sobór Zmartwychwstania Pańskiego, zaś dookoła niego wzniesiono budynek mieszkalny z celami mnichów. W latach 1682–1692 wielka księżna Tatiana Michajłowna zbudowała na terytorium monasteru własną rezydencję z cerkwią Narodzenia Pańskiego. Z kolei w latach 1690–1697 całość zabudowań otoczono murami o łącznej długości 930 metrów i wzniesiono bramę wjazdową z cerkwią nadbramną Wjazdu Chrystusa do Jerozolimy.