XVIII–XIX w. W 1723 zawalił się dach namiotowy nad kaplicą Grobu Pańskiego, zaś trzy lata później w monasterze wybuchł pożar. Skutki obydwu katastrof zostały usunięte w latach 1756–1761; pracami renowacyjnymi kierował Bartolomeo Rastrelli. Dzięki wsparciu carycy Elżbiety wnętrze cerkwi klasztornych otrzymały nowe, barokowe wyposażenie.
Kolejne prace renowacyjne przeprowadził po 1870 przełożony klasztoru archimandryta Leonid (Kawielin). Ten sam duchowny urządził w części pomieszczeń monasteru muzeum pamięci patriarchy Nikona, zaś w 1876 opublikował pracę poświęconą dziejom klasztoru. W II połowie XIX oraz na początku XX w. Nowe Jeruzalem było ważnym ośrodkiem pielgrzymkowym. Według danych z 1911 monaster odwiedziło 31 tys. pielgrzymów. Klasztor angażował się w organizację pomocy materialnej dla najbiedniejszych i prowadził szkołę dla 100 chłopców z ubogich rodzin wiejskich. W czasie I wojny światowej mnisi prowadzili szpital dla rannych i chorych żołnierzy armii carskiej.