Do połowy XVI wieku wieś pozostała niezamieszkana.
W 1546 uruchomiono w sąsiednim Roździeniu jeden z pierwszych w okolicy warsztatów kuźniczych żelaza. Stąd też pochodził Walenty Roździeński – śląski hutnik i pisarz, autor wierszowanego poematu Officina ferraria, abo huta i warstat z kuźniami szlachetnego dzieła żelaznego, wydanego w Krakowie w 1612 roku.
W latach 70. XVI wieku osadnicy ponownie osadzili się w Szopienicach – osiedli wówczas we wsi Mateusz, Stobraw i Marcin. W tym samym czasie działały tu ruchy reformacyjne. Szopienice były wtedy własnością mysłowickiej rodziny Salomonów, spokrewnionej z arcybiskupem krakowskim i niedopuszczającej do szerzenia się haseł reformacyjnych na terenie swych posiadłości. Na skutek konfliktu z Katarzyną Salomonową z kuźni musiał w 1595 roku odejść Walenty Roździeński. Szopienice w XVI i XVIII wieku były małą osadą rolniczą. Ponadto prowadzono tu hodowlę zwierząt i wyrąb lasów. Szopienice, założone na prawie niemieckim, posiadała własny samorząd gminny dzięki posiadaniu wolnego sołectwa. Było ono do 1614 roku, gdy Szopienice zostało wykupione przez spadkobierców Katarzyny Salomonowej. W 1656 roku Szopienice stały się własnością Mieroszewskich, którzy byli w ich posiadaniu przez następne dwieście lat.