W latach 1373–1415 znajdowało się we władaniu Korony Czeskiej pod panowaniem Luksemburgów. W 1385 r. przeniósł tu siedzibę biskupstwa lubuskiego oraz kapituły katedralnej ostatni polski biskup lubuski Jan Kietlicz. W 1392 r. został on przeniesiony do diecezji miśnieńskiej i odtąd do 1424 r. tron biskupi był obsadzany duchownymi czeskimi, choć diecezja do 1424 r. wciąż podlegała metropolii gnieźnieńskiej. W 1446 r. miasto i katedra zostały spalone przez husytów.
Nowożytność i czasy napoleońskie thumb|left|Fürstenwalde w XVII wieku Wraz z postępami reformacji w 1557 r. katedra została przejęta przez luteran. W latach 1613, 1625 i 1656 Fürstenwalde było miastem uniwersyteckim, dzięki przeniesionego tutaj z pobliskiego Frankfurtu nad Odrą Uniwersytetu Viadrina. Od 1701 r. stanowiło część Królestwa Prus. Przez szereg dziesięcioleci było również miastem garnizonowym dla wojsk cesarza Napoleona i ułanów cesarskich.