We wrześniu 1942 na lotnisku w Dęblinie formowano jednostkę 4./SchG 1, która po przeszkoleniu wysłana została do Afryki Północnej. W połowie listopada do Libii dotarły 4 samoloty eskadry, trzy zaginęły po drodze. Na miejscu okazało się, że samoloty nie są przystosowane do warunków pustynnych – piasek zatykał filtry powietrza. Dwa samoloty zostały utracone z powodu awarii silników, ostatni zdatny do lotu został zdobyty na lotnisku w Trypolisie pod koniec stycznia 1943 przez wojska brytyjskie. Personel lotniczy został ewakuowany do Włoch. Kolejną jednostką wyposażoną w Hs 129, która walczyła w Afryce, była 8./SchG 2. Po uzupełnieniach w lutym 1943 liczyła 16 samolotów. Wiele samolotów było niesprawnych z powodu awarii silników, niemniej jednak okazała się skuteczna w walce z alianckimi czołgami. W maju eskadra została przeniesiona na Sardynię, zaś na początku lipca 1943 na front wschodni.
Nowa niemiecka taktyka, zakładająca skupienie wszystkich jednostek szturmowych, sprawdziła się podczas bitwy kurskiej. Eskadry uzbrojone w Hs 129 zadały duże straty Rosjanom – podczas 2400 lotów bojowych zniszczyły ok. 200 czołgów.