Wyprodukowano 792 egzemplarze. Hs 129 B-3 podwersja opracowana jako odpowiedź na wprowadzenie przez Rosjan nowych, lepiej opancerzonych typów czołgów i dział pancernych, jak KW, IS-2, ISU-122, ISU-152 czy SU-152 co spowodowało, że dotychczas używane działka okazywały się być niewystarczająco skuteczne. Zaczęto więc stosować działo przeciwpancerne 7,5 cm PaK 40L kal. 75 mm. Montowano je w gondoli podkadłubowej wraz z zapasem 12 pocisków w magazynku bębnowym. W razie konieczności przymusowego lądowania mogło być odrzucone. Pocisk z tego działa mógł przebić pancerz każdego ówczesnego czołgu. Podwersja ta weszła do służby liniowej we wrześniu 1944.
Uzbrojenie samolotów kierowanych do jednostek bojowych mogło być modyfikowane przez zestawy uzbrojenia podwieszanego tzw. Rüstsatz, i tak powstały np.: B-1/R1, B2/R1 – podskrzydłowe wyrzutniki bombowe ETC 50 (2 bomby o masie 50 kg lub 24 małe bomby odłamkowe po 2 kg każda w zasobniku AB 24), B-1/R2, B-2/R2 – działko MK 101 kal. 30 mm z zapasem 30 pocisków oraz wyrzutniki bombowe jak w R1, od połowy 1942 w B-2/R2 zastosowano działko MK 103 z trzykrotnie większą ilością amunicji, B-1/R3 – uzbrojony w 4 karabiny maszynowe MG 17 z zapasem amunicji 2000 szt.