Podobnie jak w przypadku poprzednika, Huayra zyskała awangardową stylizację autorstwa jednoczesnego konstruktora i koordynatora projektu, Horacio Paganiego Obła i smukła sylwetka zyskała wiele ostrych linii, duży przedni wlot powietrzy i lusterka, które tym razem umieszczono na krawędziach błotników. Tylną część nadwozia o masywniejszych kształtach ponownie przyozdobiła centralnie umieszczona poczwórna końcówka wydechu, z kolei do budowy karoserii wykorzystano karbotanium będące połączeniem stopów tytanu i kompozytów z włókna węglowego. Luksusowo stylizowane wnętrze wykonano z mieszanki brąowej skóry i aluminium, z owalną konsolą centralną i panelem klimatyzacji imitującym klawisze klarnetu. Po raz pierwszy Pagani wykorzystało także centralnie umieszczony ekran dotykowy pozwalający na sterowanie głównymi funkcjami pojazdu.
Do napędu podstawowej Huayry ponownie wykorzystany został silnik typu V12 konstrukcji AMG, jednak tym razem jego moc została znacznie zwiększona - z 394 w Zondzie do 700 KM.