Sprawne działanie układu napędowego miała zapewniać 7-stopniowa, sekwencyjna skrzynia biegów typu XTRAC, a dzięki wykorzystaniu lekkich i kompozytowych tworzyw do budowy - masa całkowita wyniosła relatywnie niewielkie 1350 kilogramów.
thumb|225px|Pagani Huayra - wnętrze thumb|225px|Pagani Huayra BC thumb|225px|Pagani Huayra Imola thumb|225px|Pagani Huayra R thumb|225px|Pagani Huayra R - tył thumb|225px|Pagani Huayra Codalunga
Huayra BC W lutym 2016 roku zadebiutowała pierwsza wersja specjalna Huayry w postaci modelu BC. Pod kątem wizualnym samochód zyskał przeprojektowane nadwozie, z inaczej ukształtowanym przednim wlotem powietrza, dodatkowymi wlotami powietrza i większym tylnym spojlerem. Charakterystyczną cechą stało się także dwubarwne malowanie karoserii. Horacio Pagani zastosował kompleksowe zmiany w układzie napędowym, modyfikując zawieszenie i stosując nowy typ sekwencyjnej przekładni biegów. Do m.in. alufelg wykorzystano też lżejsze stopy aluminium. Zmiany konstrukcyjne pozwoliły na obniżenie masy całkowitej o 132 kilogramy do 1218 kilogramów przy jednoczesnym zwiększeniu mocy układu do 800 KM, a modyfikacje wizualne doprowadziły do optymalizacji właściwości aerodynamicznych.