Ponadto zajmował się pracami studialnymi nad wznowieniem lotów załogowych na Księżyc i wyprawą na Marsa. 1999 – na przełomie maja i czerwca był pilotem promu Discovery podczas swojego pierwszego lotu kosmicznego. Załogą STS-96 dowodził . Specjalistami misji byli: Ellen Ochoa, Tamara Jernigan, Daniel Barry, astronautka kanadyjska Julie Payette oraz Walerij Tokariew z Rosji. Celem tej blisko dziesięciodniowej wyprawy było dostarczenie zaopatrzenia i obsługa techniczna Międzynarodowej Stacji Kosmicznej. Następnie do grudnia 2000 kierował oddziałem bezpieczeństwa lotów Biura Astronautów. 1 grudnia 2000 – NASA ogłosiła w oficjalnym komunikacie, że Husband będzie dowodził załogą misji STS-107. 2003 – 16 stycznia na pokładzie wahadłowca Columbia po raz drugi wystartował w kosmos. Funkcję pilota pełnił William McCool. W załodze promu znajdowali się także specjaliści misji: Laurel Clark, David Brown, Michael P. Anderson, Kalpana Chawla oraz astronauta izraelski Ilan Ramon. Podczas prawie szesnastodniowego pobytu na orbicie załoga wykonała 82 eksperymenty biologiczne, geofizyczne, technologiczne i fizyczne. 1 lutego podczas powrotu Columbii na Ziemię wahadłowiec rozpadł się w powietrzu. Śmierć poniosła cała załoga.