Dawniej rodzinę austronezyjską określano mianem malajsko-polinezyjskiej, wskazując na najdalszych poznanych jej przedstawicieli, tj. język malajski na zachodzie oraz języki polinezyjskie na wschodzie. Później stwierdzono pokrewieństwo przynależących do niej języków z językami tajwańskimi. Termin „austronezyjski” został wprowadzony w 1899 r. przez Wilhelma Schmidta i zdołał się zadomowić w terminologii językoznawczej. Współcześnie pod pojęciem języków malajsko-polinezyjskich rozumie się raczej największą gałąź rodziny austronezyjskiej.
Zrekonstruowano słownictwo praaustronezyjskie.
Klasyfikacja języków austronezyjskich Według serwisu Ethnologue rodzina języków austronezyjskich dzieli się na następujące grupy: atajalskie bunuńskie wschodniotajwańskie (wschodnioformozańskie) centralne północne południowo-zachodnie północno-zachodniotajwańskie (północno-zachodnioformozańskie) paiwańskie puyuma rukai tsou języki Zachodnich Równin (Western Plains) języki malajsko-polinezyjskie.