System dowodzenia Siły Obronne Izraela nie mają instytucji naczelnego dowódcy. Jedna z Ustaw Zasadniczych dotycząca armii z 1976 przeniosła dowództwo nad armią na rząd. Tak więc Minister Obrony Izraela – zawsze cywil, choć często emerytowany oficer – jest najwyższym dowódcą SOI i uosobieniem cywilnej kontroli nad wojskiem. Gabinet musi każdorazowo wyrażać zgodę na główne wojskowe cele i operacje. W normalnych warunkach zajmuje się tym głównie Rada Bezpieczeństwa Narodowego i to na niej spoczywa główna odpowiedzialność. Cykliczne raporty dotyczące stanu wojska podawane są do wiadomości izraelskiego parlamentu – Knesetu, a te zajmujące się sprawami funduszy armii do Rady Finansowej.
Najwyższy rangą oficer SOI (formalnie uznawany za głównodowodzącego), jedyny wojskowy w stopniu generała-porucznika, jest jednocześnie szefem Sztabu Głównego, bezpośrednio odpowiedzialnym przed Ministrem Obrony. Od 15 stycznia 2019 funkcję na tym stanowisku pełnił raw alluf Awiw Kochawi. Po zakończeniu jego czteroletniej kadencji, 16 stycznia 2023 roku nowym szefem Sztabu został Herci Halewi. Sztab generalny zajmuje się „profesjonalnymi sprawami”, takimi jak organizacją, treningiem, planowaniem oraz wykonywaniem operacji wojskowych.