matka - Ida Mae - samodzielnie opanowała zapis nutowy. Johnson Jr., starszy brat Tommy’ego, był zawodowym pianistą grającym w klubach w Detroit. Pierwszym instrumentem Tommy’ego był klarnet, który otrzymał mając 6 lat, jednak gra na pianinie pociągała go bardziej. Gdy miał 11 lat, rodzice wynajęli nauczycielkę muzyki – Gladys Dillard, dzięki której poznał podstawy gry na tym instrumencie i klasyczny repertuar (Bach, Chopin), mało jednak konkurencyjny wobec jazzu. Uczęszczał do publicznej szkoły Northem High School. Jego szkolnymi kolegami byli m.in. Sonny Red (później saksofonista) i Roland Hanna (również pianista). Dzięki realizowanemu przez szkołę programowi muzycznemu dla utalentowanej młodzieży, wszyscy trzej otrzymali solidne podstawy do dalszej nauki i grania.