Nowe ciało było dużo większe od wcześniej istniejących, i oprócz przedstawicieli organizacji syjonistycznych skupiało wielu bogatych Żydów, którzy byli gotowi wesprzeć politykę syjonistyczną w Mandacie Palestynie.
25 sierpnia 1933 przedstawiciele Agencji Żydowskiej oraz Niemieckiej Federacji Syjonistycznej zawarli porozumienie z niemieckim ministrem finansów w tzw. umowie transferowej. Naziści zgodzili się nie utrudniać żydowskiej emigracji z Niemiec, w zamian za transfer kapitału w postaci niemieckich towarów (w latach 1933–1939 przetransferowano do Niemiec ogółem 40 419 000 dolarów amerykańskich, które umożliwiły zorganizowanie wyjazdu 60 tysięcy Żydów niemieckich). Trudna sytuacja europejskich Żydów zmusiła Haganę do zorganizowania piątej aliji. W 1935 przewodniczącym Agencji Żydowskiej został Dawid Ben Gurion. Podczas II wojny światowej Agencja wspierała aliję bet. Po wojnie Agencja Żydowska powołała komisję pomocy europejskim Żydom. Komisja rozpoczęła pracę odnajdywania ocalonych z Holocaustu, przekazywania im paczek żywnościowych i wystawiania świadectw imigracyjnych. Przedstawiciele Agencji odwiedzali obozy przejściowe dla przesiedleńców. Ogółem Agencja udzieliła pomocy 250 000 ocalonych Żydów.