W latach 1945–1948 Agencja posługując się 65 „nielegalnymi” statkami przerzuciła tych żydowskich imigrantów do Mandatu Palestyny. Jednak część z tych statków została przechwycona przez Brytyjczyków, którzy internowali 51 000 Żydów.
Koniec wojny wysunął na pierwszy plan działań walkę o państwowość izraelską. Pod przewodnictwem Agencji Żydowskiej w październiku 1945 została podpisana ugoda pomiędzy Haganą, Irgunem i Lechi, aby utworzyć zjednoczony ruch oporu, który obejmował wspólne operacje przeciwko Brytyjczykom. W odpowiedzi brytyjskie władze mandatowe aresztowały licznych członków kierownictwa Agencji. Począwszy od 1946 agencja podjęła zadania zakupu broni, amunicji itp. Gdy 29 listopada 1947 ONZ podjęło decyzję o podziale Mandatu Palestyny, Agencja Żydowska zaangażowała się w utworzenie żydowskiej Rady Państwowej i Krajowego Rządu. 11 marca 1948 Arabowie zdetonowali samochód-pułapkę przed budynkami Agencji Żydowskiej w Jerozolimie. Tuż obok znajdował się gmach amerykańskiego konsulatu. W zamachu zginęło 12 osób, a 44 zostały ranne.