Flota amerykańska była wprawdzie dla piratów nie do pokonania w morzu, ale wciąż nie podjęto kluczowych decyzji. Jefferson naciskał na wzmocnienie działań militarnych i wysłanie w rejon Śródziemnomorza najlepszych okrętów w roku 1802. Okręty USS „Argus”, USS „Chesapeake”, USS „Constellation”, USS „Constitution”, USS „Enterprise”, USS „Intrepid”, USS „Philadelphia” i USS „Syren” brały udział w tych zmaganiach pod dowództwem komodora Edwarda Preble’a. W roku 1803 Preble podjął blokadę portów berberyjskich i serię rajdów przeciwko ich flocie.

Bitwy thumb|300px|USS „Philadelphia” na mieliźnie pod Trypolisem W październiku 1803 roku flocie Trypolisu udało się zdobyć fregatę USS „Philadelphia”, która weszła na mieliznę w czasie patrolowania Zatoki Trypolitańskiej. Wysiłki Amerykanów, by ściągnąć okręt na głęboką wodę pod ogniem baterii nabrzeżnych, spełzły na niczym. Kapitan William Bainbridge wraz z całą załogą dostał się do niewoli. Zabrano ich na brzeg, gdzie przetrzymywani byli jako zakładnicy. „Philadelphia” została przez muzułmanów ściągnięta z mielizny i zakotwiczona na redzie portu jako bateria pływająca.