W odpowiedzi Jefferson wysłał na Morze Śródziemne eskadrę fregat, które miały zabezpieczać interesy amerykańskie w regionie i poinformował o swych działaniach Kongres. I choć kongresmeni nigdy nie głosowali na temat formalnego wypowiedzenia wojny, uprawnili prezydenta do wydania polecenia dowódcom okrętów amerykańskich, by atakowali i zdobywali wszystkie statki i dobra paszy Trypolisu, a także by podejmowali wszelkie działania, jakie usprawiedliwia stan wojny.
1 sierpnia 1801 roku szkuner USS „Enterprise” pokonał 14-działowy piracki okręt „Tripoli” po zażartej, ale raczej jednostronnej bitwie, w której amerykańscy marines dziesiątkowali swym ogniem próbujących abordażu piratów.
W roku 1802, w odpowiedzi na prośbę Jeffersona o wydanie zezwolenia na walkę z piratami, Kongres przegłosował ustawę „o ochronie handlu i żeglarzy Stanów Zjednoczonych wobec trypolitańskich rajdów”, która uprawniała prezydenta do „...zatrudnienia tylu okrętów Stanów Zjednoczonych, ile będzie trzeba... dla efektywnej ochrony handlu i żeglarzy na Oceanie Atlantyckim, Morzu Śródziemnym i morzach przyległych”An Act Further to Protect the Commerce and Seamen of the United States against the Tripolitan Cruiser, February 6, 1802.