Jefferson nie ustawał w zabiegach o zaprzestanie płacenia haraczy, zyskując coraz silniejsze poparcie George’a Washingtona i innych znaczących polityków. Po doprowadzeniu floty amerykańskiej do gotowości bojowej w roku 1794, co spowodowało wzmocnienie jej sił na morzach, stało się coraz bardziej prawdopodobne, że Ameryka będzie mogła odmówić płacenia haraczu.
Wypowiedzenia wojny thumb|300px|USS „Enterprise” w walce z „Tripoli” Po zaprzysiężeniu Jeffersona jako prezydenta w roku 1801, Jusuf Karamanli, pasza Trypolisu, zażądał od nowej administracji 225 000 dolarów (w roku 1800 przychody państwa przekroczyły nieznacznie 10 milionów). Przystępując do realizacji swych dawnych planów, Jefferson odrzucił żądanie. W rezultacie, w maju 1801 roku, pasza wypowiedział wojnę Stanom Zjednoczonym; nie poprzez wysłanie formalnego pisma, a – zgodnie z berberyjskim zwyczajem – za pomocą zrąbania masztu flagowego przed siedzibą konsulatu USA. Algier i Tunis nie wsparły tym razem swego sojusznika.