Pierwsze klaryski, tj. Zofia Anna z Rozdrażewa Smoszewska i dwie jej towarzyszki przybyły do Bydgoszczy z Poznania w dzień św. Małgorzaty, 13 lipca 1615 roku. Zakonnice zatrzymały się w zabudowaniach przy kościele św. Idziego. W kwietniu 1616 roku, ówczesny burmistrz Bydgoszczy Jan Piekarski i rada miejska ofiarowali klaryskom dwa domy z ogrodami, położone naprzeciw kościoła św. Ducha, co zainicjowało budowę klasztoru na przedmieściu Gdańskim. Budowa postępowała tak szybko, że już 11 listopada 1618 roku siostry zakonne w asyście trzech komisarzy biskupa Pawła Wołuckiego przeniosły się do nowej siedziby. Był to wówczas wolnostojący, piętrowy budynek po północnej stronie kościoła Św. Ducha, ustawiony szczytem do ul. Gdańskiej, pokryty dachówką ceramiczną (przełożoną w 1730 roku)Jankowski Aleksander. Kościół Klarysek pod wezwaniem Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny w Bydgoszczy. [w.] Kronika Bydgoska – tom specjalny wydany z okazji wizyty papieża Jana Pawła II w Bydgoszczy. Bydgoszcz 1999. W tym czasie do świątyni Św. Ducha zaczęto dobudowywać nawę i w ten sposób dawny kościół szpitalny stał się prezbiterium kościoła konwentualnego Klarysek.