24 kwietnia 1619 roku, biskup Paweł Wołucki otrzymał od rady miejskiej prawo patronatu do kościoła Św. Ducha i kościoła klasztornego oraz oficjalnie potwierdził ich przenosiny do murowanego budynku na przedmieściu Gdańskim. Być może prace budowlane polegały na rozbudowie istniejących już obiektów, gdyż w budynku klasztornym (ob. Muzeum Okręgowym) znaleziono tablicę z datą 1593 rokuBartowski Krzysztof: Najstarszy kościół szpitalny w Bydgoszczy, a klasztor ss. Klarysek – zarys dziejów i problematyki konserwatorskiej. [w.] Materiały do dziejów kultury i sztuki Bydgoszczy i regionu. Zeszyt 7. Bydgoszcz 2002.
Uposażenie klasztoru U podstaw uposażenia konwentu bydgoskiego legły zapisy osób prywatnych spośród patrycjatu bydgoskiego i okolicznej szlachty, jak też magistratu Bydgoszczy. Głównym donatorem wymienionym w brewe papieskim był Andrzej Rozdrażewski wraz ze swoimi krewnymi. Poważne sumy na uposażenie klasztoru przedłożyli ponadto Zofia Potulicka, żona Andrzeja Czarnkowskiego wojewody kaliskiego oraz Kacper Zebrzydowski z Więcborka, jej krewny z linii ojcowskiej.