W niedzielę 9 lipca 1939 podczas uroczystej koronacji figury Matki Bożej Jazłowieckiej odczytał akt poświęcenia się pułku Jazłowieckiego opiece Matki Boskiej.
Dowodził 14 pułkiem ułanów podczas kampanii wrześniowej. Walczył na czele pułku w składzie Podolskiej Brygady Kawalerii nad Bzurą. 19 września 1939 wsławił się szarżą pod Wólką Węglową. Brał udział w walkach w Puszczy Kampinoskiej i 23 września 1939 przebił się do Warszawy i uczestniczy w jej obronie. Po kapitulacji Warszawy 28 września 1939 nie poszedł do niewoli.
Od października 1939 czynny w konspiracji Służby Zwycięstwu Polski, Związku Walki Zbrojnej i Armii Krajowej. Do jesieni 1942 inspektor kierunkowy KG ZWZ/AK na Okręg Białystok. Następnie od jesieni 1942 do marca 1944 komendant Obszaru Białostockiego AK w skład, którego wchodziły okręgi AK: Białystok, Nowogródek, Polesie. Rozkazem KG AK nr 530/I z 24 III 1944 Obszar Białystok AK został zlikwidowany. Przeniesiony do KG AK na stanowisko inspektora. W maju 1944 mianowany przez KG AK komendantem Okręgu Kraków AK. Funkcję objął faktycznie w czerwcu 1944. 24 lipca 1944 mianowany dowódcą Grupy Operacyjnej AK „Kraków”. 26 lipca 1944 nakazał rozpoczęcie akcji „Burza” na terenie podległym.