„Woyna” oddział GL pod dowództwem Umera Achmołła Adamanowa, ps. „Miszka Tatar” mały|Pomnik poświęcony ofiarom II wojny światowej na rynku
Józefów był również ośrodkiem nasilonego terroru niemieckiego. 26 lutego 1942 roku Niemcy publicznie rozstrzelali rodzinę Konrada Bartoszewskiego i zrównali jego dom z ziemią. 1 czerwca 1943 roku Józefów został zbombardowany za zamordowanie dwóch oficerów SS. Następnie Niemcy chcieli zamordować resztę mieszkańców miasteczka, lecz udaremnił to atak partyzantów na miasto.
W 1943 roku została również spacyfikowana wieś Pardysówka, dzisiejsza dzielnica miasta. mały|Kamieniołomy – miejsce kaźni II wojny światowej Podczas wojny Niemcy dokonali zagłady żydowskiej społeczności Józefowa. 11 maja 1942 roku na ulicach miasta i w pobliskim kamieniołomie trzech Niemców zastrzeliło ok. 120 Żydów. 13 lipca niemieccy policjanci rozstrzelali na Winiarczykowej Górze od 1300 do 1500 Żydów – w większości kobiety, dzieci i starców. Ostateczna likwidacja józefowskiego getta nastąpiła na początku listopada 1942 roku, gdy Niemcy wywieźli ostatnich zamieszkujących w nim Żydów do obozu zagłady w Bełżcu.