Klasyfikacja biologiczna jest oparta na jednostkach klasyfikacyjnych noszących nazwę taksonów.

Opisywanie taksonów oraz włączanie ich w system kategorii taksonomicznych jest przedmiotem taksonomii. Zasady i metody klasyfikowania przyjęte w klasyfikacji biologicznej zostały utrwalone na drodze tradycji naukowej zapoczątkowanej przez Karola Linneusza. Z matematycznego punktu widzenia tradycja ta nie ma jednak odpowiednich podstaw.

Kategorie klasyfikacji Z uwagi na stosowane kryteria, klasyfikacje można podzielić na: naturalne – czyli odnoszące się do niepowierzchownych cech tego, co jest przedmiotem klasyfikacji, sztuczne – czyli nie odnoszące się do żadnych konkretnych cech tego, co jest przedmiotem klasyfikacji; klasyfikacje takie powstają poprzez tworzenie kategorii będących negacjami istniejących już kategorii. nienaturalne – czyli odnoszące się do powierzchownych cech tego, co jest przedmiotem klasyfikacji.