Po tym wyścigu Ruffian musiała zrobić krótką przerwę, gdyż dzień po Sorority Stakes miała ciężki kaszel, a w trakcie samego wyścigu nabawiła się lekkiego urazu – nie był groźny, ale bolesny.
Wróciła na tor pod koniec sierpnia, wygrywając Spinaway Stakes na torze Saratoga Race Course z przewagą 12 i 3/4 długości. Dzień po tym wyścigu Ruffian była nieswoja – zostawiła większość swojego jedzenia, a jej prawa tylna noga była wrażliwa na dotyk. Rentgen wykazał, że ma w nodze pęknięcia, których musiała nabawić się na wyścigu. Frank Y. Whitley, zapytany o to, dlaczego nie wykazywała żadnych oznak zranienia aż do następnego dnia odpowiedział: „Jest bardzo twardą klaczą i nie lubi wykazywać żadnych słabości”. Wskutek tego urazu, opuściła resztę sezonu dwuletniego.
Ruffian wróciła na tor jako trzylatka, łatwo wygrywając gonitwę Allowance, a pod koniec kwietnia zwyciężyła w Comely Stakes. Następnie została czwartą w historii zwyciężczynią Triple Tiary, wygrywając Acorn Stakes, Mother Goose Stakes i Coaching Club American Oaks. Klacz ustanowiła nowy rekord w każdej gonitwie typu „Stakes”, w jakiej wzięła udział.