II wojna światowa W 1939 wziął udział w obronie Polski. Dostał się do niewoli radzieckiej, z której uciekł. Wrócił do Nowego Sącza zajętego już przez Niemców. Zachował posadę dyrektora, prawdopodobnie ze względu na to, że biegle znał język niemiecki. Od początku był zaangażowany w sądecką konspirację. Zarówno on, jak jego żona udzielali pomocy medycznej polskim partyzantom, jednorazowej, jak i formie hospitalizacji. W części szpitala zamieszkanej przez szarytki była druga, tajna sala operacyjna. Tam operował nocami członków polskiego podziemia, postrzelonych przez Niemców. W lipcu 1940 roku do szpitala tego został przywieziony przez Niemców tajny kurier Jan Karski, schwytany przez Gestapo na słowackiej granicy. Ranny po nieudanej próbie samobójczej, dostał się pod opiekę lekarza i zakonspirowanego członka podziemia, dra Jana Słowikowskiego. Był cały czas pilnowany przez Niemców, mimo to został uwolniony ze „szpitalnego aresztu” przez grupę członków Związku Walki Zbrojnej. Jan Słowikowski wspominał, że 9 miesięcy później doktor Stuchły ostrzegł go przed grożącym aresztowaniem przez Gestapo i polecił ukryć się. Uratował mu w ten sposób życie. 21 sierpnia 1941 w Biegonicach, w odwecie za uwolnienie Karskiego Niemcy rozstrzelali z karabinu maszynowego 32 zakładników, w tym Teodora, brata profesora Jana Słowikowskiego.