Sukces Czarodziejki z Księżyca znacząco wpłynął na rozwój yuri w połowie lat 90., a mangi i anime o podobnej tematyce cieszyły się wówczas popularnością głównego nurtu. Reżyser Czarodziejki z Księżyca, Kunihiko Ikuhara, stworzył Rewolucjonistkę Utenę (1997–1999), serial anime, koncentrujący się przede wszystkim na romantycznych związkach między kobietami. W tym okresie nastąpiło również odrodzenie gatunku klasy S poprzez bestsellerową serię light novel Maria-sama ga miteru (1998–2004) autorstwa Oyuki Konno, która do 2010 roku rozeszła się w nakładzie 5,4 miliona egzemplarzy. Inną wybitną autorką tego okresu jest Kaho Nakayama, która aktywnie pisze od wczesnych lat 90., a jej prace przedstawiają historie miłosne między kobietami. W tym okresie pojawiły się również pierwsze japońskie magazyny skierowane specjalnie do lesbijek, z których wiele zawierało sekcje z mangami yuri. Przedstawiane w nich historie obejmowały różne stopnie treści seksualnych, od licealnych romansów po życie i miłość lesbijek.
Lata 2000.: rozwój wydawnictw i kultury fanów