Kontrreformacja W 1528 r. Ferdynand I wydał edykt przeciw protestantom na Śląsku. Odprawianie nabożeństw niezgodnie z rytem rzymskim i organizowanie tajnych zgromadzeń dysydenckich groziło karą. Kazał nawet niszczyć domy, w których odbywały się takie zgromadzenia. W praktyce edyktu jednak nie wykonano. W 1535 r. wypowiedział się przeciwko uznaniu przez Koronę wspólnoty Braci czeskich. W 1551 r. król sprowadził jezuitów do Wiednia. Przejęli oni kontrolę nad wiedeńskim uniwersytetem i mieli zająć się wychowaniem dzieci cesarskich. W 1552 r. Ferdynand zajął dla Korony kompetencje w kwestii mianowania członków konsystorza utrakwistów, przez co stany utraciły kontrolę nad tą instytucją. W 1556 r. sprowadził jezuitów także do Pragi, gdzie w 1561 r. reaktywował arcybiskupstwo (nieobsadzone od ponad osiemdziesięciu lat). Ferdynand nie zgodził się na to, by utrakwiści utworzyli odrębną organizację kościelną wzorowaną na protestanckiej.
Bunt stanów czeskich 1547