Dążył wyraźnie do unifikacji podległych sobie ziem i budowy zwartej, scentralizowanej monarchii. W 1556 r. przekazał Cesarskiej Nadwornej Radzie Wojennej (niem. Kaiserliche Hofkriegrat) odpowiedzialność za problematykę obronną wszystkich krajów monarchii. W ten sposób stała się ona instytucją stojącą ponad odpowiednimi organami krajowymi. Cesarz mianował do rady jedynie Niemców, co wywoływało niezadowolenie Czechów i Węgrów. Mimo to przestrzegał większość praw stanów czeskich i węgierskich. Ferdynand I proponował także wspólne obrady sejmów Austrii, Czech i Węgier, jednak stany czeskie i węgierskie odmówiły. W 1559 r. rosnący opór elit węgierskich i czeskich zmusił Ferdynanda I do częściowej decentralizacji. Znalazła ona wyraz w utworzeniu osobnych kancelarii nadwornych dla Czech i Węgier.
W latach 1536–1563 wzniesiono w Pradze Belweder – letni pałac cesarzowej dla Anny Jagiellonki, żony Ferdynanda I. Jest to piękny zabytek renesansowej architektury.