Partyzanci wycofali się wraz z 2 Dywizją Piechoty do Kärevere. Następnie ruszyli w kierunku Põltsamaa, gdzie rozpoczęli samodzielną działalność zbrojną. Oddział osiągnął liczebność batalionu. Dowódcą 1 kompanii został praporszczik Rudolf Riives, 2 kompanii – porucznik Eduard Saar, 3 kompanii – sztabskapitan Rudolf Kuslap, 4 kompanii – porucznik Jaan Unt, zaś kompanii zapasowej – porucznik Johannes Soodla. Sformowano też oddział konny pod dowództwem sztabskapitana Johannesa Tiimanna. Partyzantom brakowało uzbrojenia, wyposażenia wojskowego i umundurowania. Mieli – poza karabinami ręcznymi – jedynie dwa karabiny maszynowe.
Oddział działał w południowej części Estonii. Prowadził głównie rozpoznanie wojsk bolszewickich, wykonując często małymi grupami rajdy na tyłach frontu w celu schwytania jeńców i uzyskania danych wywiadowczych. Ponadto atakował mniejsze oddziały bolszewickie. W styczniu partyzanci wraz z dywizjonem pociągów pancernych Karla Partsa uczestniczyli w odzyskaniu Tartu. Następnie brali udział w walkach w rejonie Puka i Tõrva. 2 lutego 1919 roku z powodu ran doznanych podczas bitwy pod Paju zginął porucznik Kuperjanov. Po jego śmierci oddział otrzymał oficjalną nazwę Batalionu Partyzanckiego Kuperjanova. W okresie od maja do lipca oddział walczył z Bałtycką Landeswehrą na obszarze północnej Łotwy.