Pierwszy znany megaduks Jan Dukas prowadził działania wojenne jednocześnie na lądzie i morzu, tłumiąc bunty na Morzu Egejskim i wyspach Krecie i Cyprze w latach 1092-1093 oraz we wschodniej Anatolii w 1097 roku . Po zwycięskich kampaniach Jana Dukasa megaduks przejął zarząd nad temami Hellady, Peloponezu oraz nad Kretą. Ze względu na wysoką pozycję w strukturze władzy i rozległe obowiązki, funkcje administracyjne pełnili na miejscu urzędnicy niższego szczebla. W XII wieku urząd megaduksa pozostawał w ręku rodu Kontostefanos, wywodzący się z niego megaduks Andronik Kontostefanos był głównym wodzem cesarza Manuela I Komnena i przyczynił się do objęcia władzy przez Andronika I Komnena.
Wraz z zanikiem floty bizantyńskiej po IV krucjacie, w Cesarstwie Nicejskim megaduks stał się tytułem honorowym. Przyjął go przyszły cesarz Michał Paleolog w okresie regencji sprawowanej w imieniu małoletniego cesarza Jana IV Laskarysa. Tytuł był również w użyciu w Cesarstwie Łacińskim: w 1207 roku cesarz łaciński przyznał wyspę Lemnos i tytuł megaduksa Genueńczykowi Filocalo Navigajoso.