W wyniku tego rodzina cesarska w okresie od VIII do IX wieku nabywała posiadłości, tworząc farmy dostarczające funduszy dla dworu cesarskiego.
W latach 902, 984, 1045, 1055 i 1069 miały miejsce próby pohamowania wzrostu liczby shōenów. Na mocy wydanych dekretów wszystkie shōeny, utworzone po określonym w dekrecie roku (np. dekret z 902 roku ustalał rok 897), miały zostać uznane za nielegalne, o ile ich właściciele nie posiadali odpowiednich dokumentu o ich nabyciu. Następstwami tych serii dekretów było zdelegalizowanie głównie cesarskich chokushidenów, podczas gdy przytłaczająca liczba shōenów pozostawała w dalszym ciągu nietknięta.
Największą liczbę shōenów w XI–XII wieku posiadały instytucje religijne: świątynie buddyjskie Tōdai-ji, Kōfuku-ji, Onjō-ji (Mii-dera), chramy shintō Ise-jingū, Iwashimizu-Hachimangū. Po nich najsilniejszą pozycję gospodarczą zdobył ród Fujiwara (szczególnie linia Hokke) oraz rody prowincjonalne z regionu Kantō, prowincji Dewa i Mutsu oraz usytuowane na wyspach Kiusiu (Kyūshū) i Sikoku (Shikoku).