Rozwój systemu shōenów przyczynił się do kryzysu władzy centralnej i wzmocnienia ekonomiczno-politycznej pozycji arystokracji. Wyznaczeni przez cesarza do pilnowania interesów państwowych na prowincji gubernatorzy woleli zadbać o własny dobrobyt. Skutkiem tego było powstanie siatki wzajemnych zależności i narastanie konfliktów pomiędzy stolicą a prowincją. Aby uchronić się przed zamachami konkurentów, arystokraci tworzyli własne oddziały wojskowe, co przyczyniło się do wykształcenia się warstwy społecznej samurajów. Z czasem najpotężniejsze rody w oparciu o własne oddziały wojskowe były w stanie utworzyć siogunat i zwiększyły wpływ na decyzje cesarza. W 1185 roku rozpoczął się okres Kamakura (1185–1333), który naruszył prawo prywatnej własności poprzez wyznaczanie własnych urzędników do zarządzania shōenami.
W XIII wieku rozpoczął się okres upadku i zanikania systemu shōenów. Na ten proces złożyło się kilka czynników: ingerencja shōgunów w sprawy prywatnych posiadłości ziemskich, rozwój miast i handlu, a także wojny domowe pomiędzy potężnymi rodami prowincjonalnymi, w wyniku których shōeny były okrawane. W czasach shōgunatu Takaujiego zalegalizowano system hanzei, polegający na przejmowaniu części dochodów z shōenów na potrzeby militarne.