Była to część szerszych reform kościelnych w duchu absolutyzmu i jansenizmu, które zmierzały do podporządkowania portugalskiego Kościoła państwuKenneth Maxwell, Pombal: the Paradox of Enlightenment and Despotism, in: Enlightened Absolutism: Reform and Reformers in Later Eighteenth-Century Europe, H. M. Scott (ed.), Palgrave Macmillan, 1990, s. 103-104..
Trybunał inkwizycyjny w Goa został zniesiony po raz pierwszy 20 stycznia 1774, oficjalnie z przyczyn finansowych, ale 4 kwietnia 1778 ponownie powołano go do życia. Ostatecznie zniesiono go 16 czerwca 1812. Trybunały działające na terenie samej Portugalii zniesiono natomiast 5 kwietnia 1821Francisco Bethencourt: The Inquisition. A global history 1478–1834. Cambridge University Press 2009, s. 424-427..
Organizacja Organizacja portugalskiej inkwizycji od 1547 była zbliżona do hiszpańskiej. Również tu na jej czele stał inkwizytor generalny, który przewodniczył Najwyższej Radzie Inkwizycji. Radzie podlegały cztery trybunały lokalne (w nawiasach daty utworzenia i zniesienia)F. Bethencourt, The Inquisition. A Global History, s.