H. Kamen, Inkwizycja Hiszpańska, W-wa 2005, s. 267.. W 1674 papież Klemens X pod wpływem doniesień o nadużyciach inkwizycji zawiesił jej działalność i polecił wszczęcie śledztwa, które zakończyło się złagodzeniem pewnych rygorów proceduralnych. Po wznowieniu działalności w 1682 zauważalne jest zmniejszenie surowości ogłaszanych przez nią wyrokówHenry Charles Lea: History of the Inquisition of Spain. vol. III, Londyn 1907, s. 284-290.. Mimo to portugalska inkwizycja kontynuowała intensywną działalność przeciwko konwertytom aż do połowy XVIII wieku, kiedy ograniczyły ją reformy ministra Pombala z lat 1768–74, wprowadzające m.in. równouprawnienie konwertytówHenry Charles Lea: History of the Inquisition of Spain. vol. III, Londyn 1907, s. 309 przyp. 4, s. 311 przyp. 4..
To właśnie za rządów Pombala w latach 60. XVIII wieku uprawnienia portugalskiej Inkwizycji zostały znacznie okrojone. Odebrano jej kompetencje policyjne i prawo cenzury książek, które przejęły inne urzędy. Na czele Inkwizycji Pombal postawił swojego brata, kardynała Paulo de Carvalho.