IX–XIV w. Za początek funkcjonowania Bułgarskiego Kościoła Prawosławnego uważa się przyjęcie chrztu z Bizancjum przez chana Borysa I Michała w 866. Cesarz Bizancjum oraz patriarcha konstantynopolitański Focjusz nie zgadzali się jednak na powołanie do życia Patriarchatu Bułgarskiego. Borys wysłał wówczas posłów do krajów zachodnioeuropejskich, informując o chrzcie i deklarując chęć współpracy kościelnej z Rzymem. W odpowiedzi papież Mikołaj I skierował do Bułgarii duchownych, którzy zaczęli organizować na jej terytorium struktury Kościoła łacińskiego. Walkę patriarchatu i papiestwa o dominację nad chrześcijaństwem bułgarskim zakończyło porozumieniem Borysa I z patriarchą zawarte w 870. Borys I zrezygnował wówczas z żądań utworzenia własnego patriarchatu, zadowalając się powstaniem Kościoła autonomicznego kierowanego przez arcybiskupa podległego synodowi Patriarchatu Konstantynopolitańskiego. Pierwszym zwierzchnikiem Kościoła został arcybiskup Józef. Duchowieństwo Kościoła składało się w przeważającej większości z Greków, posługujących się językiem greckim w liturgii. Jedynie część z nich, naśladując wzór misji cyrylometodiańskiej, używała języka słowiańskiego w kontaktach z ludnością.