Autokefaliczny Kościół bułgarski powstał ponownie po sukcesach powstania Teodora i Asena w 1187. Z powodów politycznych (dążenie do uzyskania poparcia papiestwa w konflikcie z Węgrami oraz w wojnach z Bizancjum) car Kałojan nawiązał rozmowy z papieżem Innocentym III, w rezultacie których został w 1204 koronowany na króla, zaś metropolita tyrnowski Bazyli otrzymał tytuł prymasa Bułgarii i Włachii, podległego papieżowi. W myśl porozumienia Kałojana z Innocentym III unia kościelna nie miała oznaczać rezygnacji z liturgii słowiańskiej. Jednak jeszcze w tym samym roku, z powodu zmian w sytuacji politycznej w regionie oraz niespełnionych żądań nadania Kałojanowi tytułu cesarza, porozumienie z Rzymem zostało zerwane, zaś popierający je Bazyli opuścił Bułgarię. Nominalnie podległość Kościoła bułgarskiego wobec Rzymu trwała do 1235, kiedy to została ona ostatecznie zerwana. W tym samym roku Patriarchat Konstantynopolitański ponownie zaakceptował autokefalię Kościoła bułgarskiego i jego status patriarchatu. Siedzibą patriarchy było TyrnowoИстория.