zob. efekt Tyndalla). Gdy wspólnie przebywali z wizytą w Londynie, Tyndall wspomniał o „słynnym angielskim chirurgu”, który poszukuje przyczyn chorób zakaźnych. Rozpoczęło to długotrwałą przyjacielską korespondencję Pasteura z Listerem. W jednym z listów Pasteur napisał m.in. :
Powrót do Edynburga i Londynu thumb|Lister w czasie operacji (1882) thumb|Pokłon J. Listera składany przyjacielowi – Louisowi Pasteurowi w czasie uroczystości jubileuszu 70-lecia jego urodzin (Paryż, 1892) W sierpniu 1869 roku Lister wrócił do Edynburga, gdzie otrzymał stanowisko kierownika kliniki chirurgii w uniwersytecie. Bezpośrednią przyczyną decyzji o powrocie była ciężka choroba Jamesa Syme’a – mistrza, przyjaciela i teścia. J. Syme zmarł w czerwcu następnego roku (w październiku 1869 zmarł ojciec, ).
Pracował na tym stanowisku do 1877 roku – daty powrotu do Londynu, gdzie otrzymał stanowisko kierownika katedry chirurgii w King’s College London. Od 1878 roku był również nadwornym chirurgiem królowej Wiktorii.