Niektóre tezy zawarte w książce Cybulskiego O hypnotyzmie ze stanowiska fizyjologicznego pozwalają zaliczać go do prekursorów koncepcji nieświadomości wyprzedzających idee Freuda.
Oprócz medycyny interesował się również zagadnieniami społecznymi, publikując na ten temat książki i artykuły m.in.: Czy państwo i społeczeństwo mają obowiązek popierać naukę? (1895), W sprawie organizacyi gospodarstw włościańskich (1896), Nauka wobec wojny (1918). Był zdecydowanym zwolennikiem dopuszczenia kobiet do studiów medycznych. Wraz z Odo Bujwidem oraz Kazimierą Bujwidową założył w 1891 pierwsze w Krakowie gimnazjum żeńskie. W 1916 zakupił dwór w Nawojowej Górze. W roku 1918 otrzymał Nagrodę Fundacji Erazma i Anny Jerzmanowskich przyznaną przez Polską Akademię Umiejętności. W 1911 roku został prezesem Ochotniczej Straży Pożarnej w Nawojowej Górze.
Do jego uczniów należeli – oprócz już wymienionych – m.in. tacy uczeni jak Leon Wachholz, Aleksander Rosner, Stanisław Maziarski, Jan Prus, Marian Eiger, Antoni Gluziński czy też Gustaw Piotrowski (młodszy).
Zmarł w swym gabinecie w Zakładzie Fizjologii UJ w wyniku udaru mózguNapoleon Nikodem Cybulski – założyciel krakowskiej szkoły fizjologii.